Kapadokya Üniversitesi’nin akademik, finansal ve yönetsel deneyiminin temelini teşkil eden Kapadokya Meslek Yüksekokulu, 2005–2006 akademik yılında, bölge kalkınma hedefleri paralelinde belirlenmiş olan beş programla eğitime başlamış ve 2017-2018 akademik yıl itibariyle Kapadokya ve İstanbul'da yer alan iki yerleşkesinde toplam 26 önlisans programı ile eğitim faaliyetlerini sürdürmüştür. 1 Temmuz 2017 tarihinde Resmî Gazete’de yayınlanan 7033 sayılı kanun ile Kapadokya Meslek Yüksekokulu ve araştırma merkezlerini de bünyesine alan Kapadokya Üniversitesi’nin çatısı altında 2018-2019 akademik yıl itibariyle İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Beşeri Bilimler Fakültesi, Yabancı Diller Yüksekokulu, Sağlık Bilimleri Yüksekokulu, Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu ve Lisansüstü Eğitim, Öğretim ve Araştırma Enstitüsü faaliyetlerini yürütmeye devam etmiştir.  15 Mayıs 2025 tarihli 9818 sayılı Cumhurbaşkanı Kararnamesiyle iki yeni fakülte yapılanmasına geçti. Beşeri Bilimler Fakültesi ve İktisadi, İdari ve Sosyal Bilimler Fakültesi İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi çatısı altında toplanmıştır. Bilgisayar ve Bilişim Teknolojileri Fakültesi 2025 yılında Üniversitemiz bünyesine katılmıştır.